Le nettoyage entièrement automatique est contrôlé par l'unité de commande centrale I-CON-ADS. Le débit de traitement quotidien requis peut être défini par le biais du réglage dans le menu du multicontrôleur. Si cette valeur n'est pas atteinte pendant quatre jours consécutifs, le nettoyage automatique est activé. Le nettoyage se compose de deux étapes, tout d'abord un nettoyage acide à l'acide citrique, pour éliminer les composants calcaires. La deuxième partie est un nettoyage oxydant au chlore pour éliminer le biofilm.

L'ensemble du processus de nettoyage consiste en un nettoyage acide avec de l'acide citrique, qui dissout les composés inorganiques (scaling) dans la membrane et les conduites.