La limpieza totalmente automática se controla mediante la unidad de control central I-CON-ADS. El caudal de tratamiento diario necesario puede ajustarse mediante la configuración del menú del multicontrolador. Si el caudal cae por debajo de este valor durante cuatro días consecutivos, se activa la limpieza automática. La limpieza consta de dos etapas, en primer lugar una limpieza ácida mediante ácido cítrico, para eliminar los componentes calcáreos. La segunda parte es una limpieza oxidativa con cloro para eliminar la biopelícula.

Todo el proceso de limpieza consiste en una limpieza ácida con ácido cítrico, que disuelve los compuestos inorgánicos (incrustaciones) de la membrana y las tuberías.