Die vollautomatische Reinigung wird von der zentralen Steuereinheit I-CON-ADS gesteuert. Der erforderliche tägliche Behandlungsdurchfluss kann über die Einstellung im Menü des Multicontrollers eingestellt werden. Wird dieser Wert an vier aufeinanderfolgenden Tagen unterschritten, wird die automatische Reinigung aktiviert. Die Reinigung besteht aus zwei Reinigungsschritten, zunächst einer Säurereinigung durch Zitronensäure, zur Entfernung von Kalkbestandteilen. Der zweite Teil ist eine oxidative Reinigung mit Chlor zur Entfernung von Biofilm.

Der gesamte Reinigungsprozess besteht aus einer sauren Reinigung mit Zitronensäure, welche anorganische Verbindungen (Scaling) in der Membran und den Leitungen löst.